瓊脂糖是線性的多聚物，基本結構是1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連接起來的長鏈。瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。
用途：
瓊脂、瓊脂糖因為有特殊的膠凝性質，尤其有顯著的穩固性、滯度和滯后性，并且易吸收水分，有特殊的穩定效應；已經廣泛使用于食用、醫藥、化工、紡織、國防等領域，據不*統計，瓊脂、瓊脂糖的用途已有1000多種，被上稱為“東亞產品”。在食品工業中可用于生產：水晶軟糖、定型軟糖、水產品、肉類罐頭、果汁飲料、果肉飲料、米酒飲料、乳品飲料、精品、乳品蛋糕。
由于其良好的生物相容性又廣泛用于生物分離介質的生產。
簡單地說，把瓊脂中的瓊脂果膠去掉，剩下的部分，就是瓊脂糖。
瓊脂糖和瓊脂的區別：
1.成分不同。瓊脂糖簡單來說是線性多聚物，由半乳糖交替連接而成。而瓊脂是由海藻中提取出來的多糖體，也是目前世界上用途為廣泛的海藻膠之一。
2.特點不同。瓊脂糖在水中一般是加熱到90攝氏度以上才會溶解，當溫度下降到35-40攝氏度時會形成半固體狀凝膠。凝膠強度越高，瓊脂糖的凝膠性能就越好。而瓊脂是植物膠中的一種，大多用麒麟菜等海產制成，無色，沒有固定形狀，成固態i，易溶解在熱水中，廣泛用于食品工業中，也常常被用于細菌培養基。
3.作用不同。瓊脂糖在食品工業中課被用于生產水晶軟糖，水產品，果汁飲料，乳品蛋糕等東西。而瓊脂則是用于增稠，凝固，懸浮，乳化等功能，也被廣泛用于制造多種多樣的飲品。
